first commit
This commit is contained in:
mozzie
commit
33c139cc30
21
.env
Normal file
21
.env
Normal file
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@ -0,0 +1,21 @@
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#
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# Orthanc 相关
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#
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# 挂载 orthanc.json 配置文件
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ORTHANC_CONFIG=./config/orthanc.json
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# 挂载 到本地的 dicom 文件存储，需要关闭数据库插件存储，在 orthanc.json 配置 PostgreSQL->EnableStorage 设为 false
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ORTHANC_DB_MNT=./orthanc_db
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#
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# PostgreSQL 配置
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#
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# 数据库文件 挂在到本地位置
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POSTGRES_DATA_MNT=./pg_data/data
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# 数据库文件 在容器里的路径
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PGDATA=/var/lib/postgresql/data
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POSTGRES_DB=orthanc
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POSTGRES_PORT=5432
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POSTGRES_USER=orthanc
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POSTGRES_PASSWORD=orthanc
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2
.gitignore
vendored
Normal file
2
.gitignore
vendored
Normal file
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@ -0,0 +1,2 @@
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orthanc_db/*
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pg_data/*
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477
README.md
Normal file
477
README.md
Normal file
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@ -0,0 +1,477 @@
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# orthanc.json 配置说明
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## Name
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显示在 Orthanc web 服务的 header 文字
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## StorageDirectory
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> EnableStorage 为 true 的话，默认是用数据库插件的路径存储。
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用来指定 Orthanc 存储 DICOM 文件的目录的，它不仅针对 sqlite，也针对其他数据库插件，例如 PostgreSQL 或 MySQL。但是如果使用了数据库插件，你也可以配置它们把 DICOM 文件存储在数据库中，而不是在 StorageDirectory 指定的目录中
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## IndexDirectory
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用来指定 Orthanc 存储 SQLite 索引的目录，如果没设置，默认使用 `StorageDirectory` 的值，可以优化性能
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## TemporaryDirectory
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临时文件夹，可以被安全的删除，
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- UNIX-like: "/tmp/Orthanc/
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- windows: "C:/Temp"
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## StorageCompression
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用来指定 Orthanc 是否对 DICOM 文件进行压缩的。如果这个属性设置为 true，Orthanc 会在存储 DICOM 文件之前，使用 gzip 算法对它们进行压缩，以节省磁盘空间。如果这个属性设置为 false，Orthanc 不会对 DICOM 文件进行压缩，而是保持它们的原始传输语法
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## MaximumStorageSize
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存储大小限制，`0`代表不限制
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## MaximumPatientCount
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在给定时间可以存储的最大患者数量，`0`代表不限制
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## LuaScripts []
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可以嵌入到 Orthanc 中的脚本语言，它可以用来定制 Orthanc 的行为和逻辑，以适应特定的医疗工作流程。你可以使用 lua 脚本来实现以下功能：
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- 响应 Orthanc 的各种事件，例如接收到 DICOM 实例、提交了一个任务、完成了一个任务等。
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- 过滤或修改传入的 DICOM 实例或 REST 请求，例如删除敏感信息、添加元数据、转换传输语法等。
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- 调用 Orthanc 的 REST API 或其他外部服务，例如发送邮件、通知、日志等。
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- 实现自定义的插件或扩展，例如增加新的 REST 端点、提供新的功能或界面等。
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## Plugins []
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插件的目录
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```json
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"Plugins": ["/usr/share/orthanc/plugins"]
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```
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## ConcurrentJobs
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> Orthanc <= 1.3.2 ，请设为 1
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用来指定 Orthanc 可以同时运行的任务（jobs）的最大数量的。任务是一种可以在 Orthanc 中执行的长时间操作，例如转码、导出、修改、删除等。你可以通过 REST API 来创建、查询、取消或删除任务。ConcurrentJobs 属性可以控制 Orthanc 的并发性能和资源消耗，你可以根据你的硬件配置和工作负载来调整这个属性
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- 设置为 `0`，使用全部的 CPU 核心
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## HttpServerEnabled
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如果此参数设置为“false”，禁用 REST API。默认 Orthanc 充当纯粹的 DICOM 服务器。
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## HttpPort
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REST API 服务 web 界面端口
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## HttpDescribeErrors
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当以下选项为`true`时，如果遇到错误在调用 REST API 时，一条描述错误的 JSON 消息放在 HTTP 响应中
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## HttpCompressionEnabled
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启用 HTTP 压缩以提高网络带宽利用率
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支持`gzip`和`deflate` 编码。
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## DicomServerEnabled
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启用 DICOM 服务器。如果此参数设置为“false”，Orthanc 充当纯粹的 REST 服务器。不能接收文件或通过 DICOM 协议进行查询/检索。
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## DicomAet
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> Aet:（Application Entity Title）
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用来标识 DICOM 网络节点的字符串，它在 DICOM 通信中起到了类似于 IP 地址或域名的作用。
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## DicomCheckCalledAet
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用来指定 Orthanc 是否检查传入的 DICOM 连接的应用实体标题（Application Entity Title）的。
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如果这个属性设置为：
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- true：接受与 `DicomAet` 属性相同的连接
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- false：接受全部连接
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## DicomPort
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DICOM 服务器的端口
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## DefaultEncoding
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> 推荐设置 Utf8 || Chinese
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假设的 DICOM 文件的默认编码没有 `SpecificCharacterSet`DICOM 标签，指定 Orthanc 的默认字符编码
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- Ascii
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- Utf8
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- Latin1
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- Latin2
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- Latin3
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- Latin4
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- Latin5
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- Cyrillic: 西里尔字母
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- Windows1251
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- Arabic: 阿拉伯语
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- Greek: 希腊语
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- Hebrew: 希伯来语
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- Thai
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- Japanese
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- Chinese
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- JapaneseKanji
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- Korean
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- SimplifiedChinese: 简体中文
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## DeflatedTransferSyntaxAccepted
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> Deflated 压缩是一种基于 Zlib 的无损压缩算法，可以减少 DICOM 文件的大小
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用来控制是否接受 `Deflated` 压缩的 DICOM 文件
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## JpegTransferSyntaxAccepted
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用来控制是否接受 JPEG 压缩的 DICOM 文件
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## JpegLosslessTransferSyntaxAccepted
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用来控制是否接受 JPEG 无损压缩的 DICOM 文件
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## JpipTransferSyntaxAccepted
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> JPIP 是一种基于网络的交互式图像传输协议，可以实现图像的渐进式加载和区域访问
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控制是否接受 JPIP 压缩的 DICOM 文件
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## Mpeg2TransferSyntaxAccepted
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> MPEG-2 是一种用于视频和音频的压缩标准，可以实现高质量的多媒体传输
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用来控制是否接受 `MPEG-2` 压缩的 DICOM 文件
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## RleTransferSyntaxAccepted
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> RLE 是一种无损压缩算法，可以减少 DICOM 文件的大小
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是否接受 RLE 压缩的 DICOM 文件
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## UnknownSopClassAccepted
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> SOP 类是一种定义了 DICOM 服务类型和信息对象类型的标识符
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用来控制是否接受未知的存储 SOP 类的 DICOM 文件
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## DicomScpTimeout
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作为 C-Store SCP 传输超时设计
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## RemoteAccessAllowed
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用来控制是否允许远程主机连接到 HTTP 服务器
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## SslEnabled
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是否启用 SSL 加密
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## SslCertificate
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指定 SSL 证书的路径
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## AuthenticationEnabled
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> 设为 false 无需密码登录
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是否启用`用户名密码`登录。从 Orthanc 1.5.8 开始，默认启用，需要开启`RemoteAccessAllowed`
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## RegisteredUsers
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访问 `8042 web`需要输入的账号密码，如果为 `{}`，直接访问
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```json
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"RegisteredUsers": {
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// 用户1
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"demo": "demo",
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// 用户2
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"hm": "27516120"
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},
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```
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## DicomModalities
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用来配置已知的 DICOM 设备的列表的，每个设备需要指定：
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1. 一个符号名称，AET（应用实体标题）
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2. IP 地址
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3. 端口号
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这样就可以通过`DICOM commands (C-ECHO,C-STORE, C-FIND, C-MOVE...)`与这些设备进行 DICOM 通信。
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```json
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"demo": [
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"HM-ORTHANC",
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"192.168.1.126",
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4242
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],
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||||
"ohif" : [ "OHIFDCM", "viewer", 3000 ]
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```
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## DicomModalitiesInDatabase
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是否将 DICOM 模式存储在 Orthanc 数据库中，而不是在此配置文件中（Orthanc 1.5.0 中的新增）
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## DicomAlwaysAllowEcho
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Orthanc SCP 是否允许传入的 `C-Echo` 请求，只有`Orthanc 1.3.0`默认为 false
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## DicomAlwaysAllowStore
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||||
Orthanc SCP 是否允许传入的 `C-Store` 请求
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## DicomCheckModalityHost
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Orthanc 是否检查远程的 IP/主机名地址，启动 DICOM 连接的模式
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## DicomScuTimeout
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远程 DICOM SCP（服务器）没有回答的，超时就关闭，单位 `seconds`
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# OrthancPeers
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用来配置已知的 Orthanc 服务器的列表的，每个服务器需要指定一个符号名称，以及其基本 URL，可能还需要用户名和密码（如果该服务器启用了密码保护的话）。可以通过 HTTP/HTTPS 协议与这些服务器进行资源的发送和接收。
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```json
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"OrthancPeers": {
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||||
"peer" : [ "http://127.0.0.1:8043/", "alice", "alicePassword" ]
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||||
"peer2" : [ "http://127.0.0.1:8044/" ]
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||||
"peer3" : {
|
||||
"Url" : "http://127.0.0.1:8043/",
|
||||
"Username" : "alice",
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||||
"Password" : "alicePassword",
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||||
"HttpHeaders" : { "Token" : "Hello world" },
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||||
"CertificateFile" : "client.crt",
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||||
"CertificateKeyFile" : "client.key",
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||||
"CertificateKeyPassword" : "certpass",
|
||||
"Pkcs11" : false
|
||||
}
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||||
},
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```
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## OrthancPeersInDatabase
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是否将`peers`存在数据库中
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## HttpProxy
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网络访问受限的情况下，可以使用 配置 http 代理
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## HttpVerbose
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是否在日志中显示 Orthanc 发出的 HTTP 请求的详细信息的
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## HttpTimeout
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http 服务请求超时时间，单位 `seconds`
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## HttpsVerifyPeers
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`peers`在 http 通信过程中 是否校验`ssl证书`
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## HttpsCACertificates
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`peers` 通信证书的路径，证书必须采用 PEM 格式，基于 Debian 的系统，此选项可以设置为`/etc/ssl/certs/ca-certificates.crt`
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## UserMetadata
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用来定义用户自定义元数据的字典，将一个介于 1024 和 65535 之间的数字映射到一个唯一的字符串。这个选项可以用于为 DICOM 资源添加一些额外的信息，例如患者的电话号码或者检查的费用
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## UserContentType
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`MIME`限制
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## StableAge
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定义一个 DICOM 资源被认为是稳定的所需的最小生命周期（以`秒`为单位）
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## StrictAetComparison
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避免在资源还在接收过程中就被处理或者导出。`Aet`名称严格要求`大小写`相同
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## StoreMD5ForAttachments
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> 默认为 true
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是否为每个附件计算并存储 MD5 校验，检测附件是否被篡改或者损坏，但是会增加一些存储空间和计算时间的开销
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## LimitFindResults
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> 默认为 0，不限制
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响应 `C-Find` 请求时返回的最大结果数
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## LimitFindInstances
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||||
> 默认为 0，不限制
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响应 `C-Find` 请求时返回的最大实例数
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## LimitJobs
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||||
> 可以用于控制 Orthanc 的并发性能，但是也会增加内存和 CPU 的消耗
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给定时间同时运行的最大处理任务数的，如果设置为 0，则表示使用所有可用的 CPU 逻辑核心。
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## LogExportedResources
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||||
LogExportedResources 参数是用来控制是否在日志中记录导出到其他 DICOM 设备或者 Orthanc 节点的资源的
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## KeepAlive
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||||
用来控制是否启用 HTTP 长连接的，这个选项可以用于提高 HTTP 通信的效率，但是也会占用更多的网络资源
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## TcpNoDelay
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||||
是否禁用 TCP 延迟算法，如果设置为 true，则表示禁用
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## HttpThreadsCount
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|
||||
> 这个选项可以用于控制 Orthanc 的并发性能，但是也会增加内存和 CPU 的消耗
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||||
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||||
用来控制处理 HTTP 请求的线程数的，如果设置为 0，则表示使用所有可用的 CPU 逻辑核心。
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||||
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||||
## StoreDicom
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||||
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||||
如果此选项设置为`false`，Orthanc 将仅在索引中运行模式。DICOM 文件不会存储在驱动器上。
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||||
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||||
> 此选项可能会阻止升级到较新版本的 Orthanc
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||||
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## DicomAssociationCloseDelay
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||||
> 避免过早地关闭 DICOM 关联，导致一些设备无法发送后续的 DICOM 文件
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||||
在没有收到进一步的 `DIMSE` 命令后，Orthanc 作为 C-Store SCP 关闭 DICOM 关联的延迟时间（以秒为单位）
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## QueryRetrieveSize
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||||
查询/检索 DICOM 请求的最大数量
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## CaseSensitivePN
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||||
> 默认情况下，搜索是不区分大小写
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||||
处理 C-Find SCP 请求时，将此标志设置为`true`，将为 PN 值表示启用区分大小写的匹配（如患者姓名）。
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||||
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||||
## Pkcs11
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||||
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||||
硬件安全模块（HSM）进行 HTTPS 客户端身份验证时的智能卡
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||||
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```json
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||||
"Pkcs11": {
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||||
"Module" : "/usr/local/lib/libbeidpkcs11.so",
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||||
"Module" : "C:/Windows/System32/beidpkcs11.dll",
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||||
"Pin" : "1234",
|
||||
"Verbose" : true
|
||||
}
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||||
```
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||||
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||||
## LoadPrivateDictionary
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||||
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||||
> 以用于避免与用户自定义的私有 DICOM 标签冲突，但是也会导致一些私有 DICOM 标签无法识别
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||||
是否加载 Orthanc 自带的私有 DICOM 标签字典的
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||||
## Locale
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||||
> 可以用于支持不同语言和字符集的人名，但是也会影响排序和检索的结果
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||||
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||||
指定 Orthanc 使用的区域设置的，目前只用于比较人名（PN）类型的 DICOM 标签。
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||||
## Dictionary
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||||
> 可以用于扩展 Orthanc 支持的 DICOM 标签，但是也要注意避免与现有的 DICOM 标准或者私有字典冲突
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||||
定义用户自定义的 DICOM 标签字典的，每个条目必须将一个十六进制的标签编号映射到一个字符串，表示该标签的 VR（值表示）和名称。
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||||
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||||
```json
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||||
"Dictionary": {
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||||
"0008,0005": ["SpecificCharacterSet", "GB18030", 1, 1]
|
||||
"0014,1020" : [ "DA", "ValidationExpiryDate", 1, 1 ]
|
||||
"00e1,10c2" : [ "UI", "PET-CT Multi Modality Name", 1, 1, "ELSCINT1" ]
|
||||
"7053,1003" : [ "ST", "Original Image Filename", 1, 1, "Philips PET Private Group" ]
|
||||
"2001,5f" : [ "SQ", "StackSequence", 1, 1, "Philips Imaging DD 001" ]
|
||||
}
|
||||
```
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||||
|
||||
## SynchronousCMove
|
||||
|
||||
是否同步运行 DICOM C-Move 操作
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||||
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||||
## JobsHistorySize
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||||
保存在内存中的已完成作业的最大数量
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||||
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||||
## SaveJobs
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||||
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||||
> 默认 true
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||||
是否将作业保存到 Orthanc 数据库中。挂起/正在运行/完成的作业是如果 Orthanc 停止，则自动从数据库重新加载然后`重新启动`
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||||
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||||
## OverwriteInstances
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||||
|
||||
> 默认 false，不覆盖
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||||
|
||||
指定 Orthanc 在接收 DICOM 实例，是否覆盖
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||||
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||||
## MediaArchiveSize
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||||
|
||||
ZIP/媒体档案的最大数量
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||||
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||||
## StorageAccessOnFind
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||||
|
||||
> 默认 Always，允许 Orthanc 在需要时立即读取存储区域
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||||
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||||
C-FIND 期间，指定 Orthanc 如何访问存储的性能设置
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||||
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||||
## MetricsEnabled
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||||
|
||||
是否启用 `Prometheus` 兼容的指标接口的，如果设置为 true，则表示启用。用于监控 Orthanc 的运行状态和性能，但是也会增加一些内存和 CPU 的消耗
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||||
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||||
## ExecuteLuaEnabled
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||||
|
||||
> 默认情况下禁用
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||||
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||||
是否启用了对 URI`/tools/execute-script`的调用。Orthanc 1.5.8，出于安全考虑
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||||
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||||
## HttpRequestTimeout
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||||
|
||||
以秒为单位设置 HTTP 请求的超时，这个参数对应于 `Mongoose/Civetweb` 的 `request_timeout_ms` 也有影响
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||||
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||||
## DicomWeb
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||||
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||||
```json
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||||
"DicomWeb":{
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||||
"Enable": true, // 是否开启 Enable
|
||||
"Root": "/dicom-web/", // DICOMweb API的根URI（适用于QIDO-RS、STOW-RS和WADO-RS）
|
||||
"EnableWado": true, // 是否启用WADO-URI（以前称为WADO）支持
|
||||
"WadoRoot": "/wado", // WADO-URI的根URI（又名WADO）API
|
||||
"Ssl": false, // ssl 开启
|
||||
"QidoCaseSensitive": true, // 对于QIDO-RS服务器，搜索是否区分大小写（自版本0.5起）
|
||||
"Host": "localhost", // WADO-RS请求的 host
|
||||
"StudiesMetadata": "Full", // 如何检索 研病例级元数据
|
||||
"SeriesMetadata": "Full" // 如何检 索序列级元数据
|
||||
}
|
||||
```
|
||||
|
||||
## PostgreSQL
|
||||
|
||||
```json
|
||||
"PostgreSQL": {
|
||||
"EnableIndex": true,
|
||||
"EnableStorage": true, // 启用或禁用PostgreSQL存储插件。如果设置为true，Orthanc将把它接收到的DICOM文件存储为PostgreSQL数据库中的大对象。如果设置为false，Orthanc将继续使用默认的文件系统存储区域。对应的是 StorageDirectory属性的路径，也就是DICOM文件存储在/var/lib/orthanc/db/ 里
|
||||
"Host": "postgres", // PostgreSQL容器的host，对应 docker 的 container_name
|
||||
"Port": 5432, // PostgreSQL容器服务的端口
|
||||
"Database": "orthanc", // PostgreSQL容器数据库名称
|
||||
"Username": "orthanc", // PostgreSQL容器数据库用户名
|
||||
"Password": "orthanc" // PostgreSQL容器数据库密码
|
||||
}
|
||||
```
|
||||
97
config/orthanc.json
Normal file
97
config/orthanc.json
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,97 @@
|
|||
{
|
||||
"Name": "DICOM PACS",
|
||||
"StorageDirectory": "/var/lib/orthanc/db",
|
||||
// "IndexDirectory": "",
|
||||
"StorageCompression": true,
|
||||
"MaximumStorageSize": 0,
|
||||
"MaximumPatientCount": 0,
|
||||
"LuaScripts": [],
|
||||
"Plugins": [
|
||||
"/usr/share/orthanc/plugins"
|
||||
],
|
||||
"ConcurrentJobs": 0,
|
||||
"HttpServerEnabled": true,
|
||||
"HttpPort": 8042,
|
||||
"HttpDescribeErrors": true,
|
||||
"HttpCompressionEnabled": true,
|
||||
"DicomServerEnabled": true,
|
||||
"DicomAet": "DICOM-ORTHANC",
|
||||
"DicomCheckCalledAet": false,
|
||||
"DicomPort": 4242,
|
||||
"DefaultEncoding": "Utf8",
|
||||
"DeflatedTransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"JpegTransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"Jpeg2000TransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"JpegLosslessTransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"JpipTransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"Mpeg2TransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"RleTransferSyntaxAccepted": true,
|
||||
"UnknownSopClassAccepted": false,
|
||||
"DicomScpTimeout": 30,
|
||||
"RemoteAccessAllowed": true,
|
||||
"SslEnabled": false,
|
||||
"SslCertificate": "certificate.pem",
|
||||
"AuthenticationEnabled": false,
|
||||
"RegisteredUsers": {},
|
||||
"DicomModalities": {},
|
||||
"DicomModalitiesInDatabase": false,
|
||||
"DicomAlwaysAllowEcho": true,
|
||||
"DicomAlwaysAllowStore": true,
|
||||
"DicomCheckModalityHost": false,
|
||||
"DicomScuTimeout": 10,
|
||||
"OrthancPeers": {},
|
||||
"OrthancPeersInDatabase": false,
|
||||
"HttpProxy": "",
|
||||
"HttpVerbose": false,
|
||||
"HttpTimeout": 60,
|
||||
"HttpsVerifyPeers": true,
|
||||
"HttpsCACertificates": "",
|
||||
"UserMetadata": {},
|
||||
"UserContentType": {},
|
||||
"StableAge": 60,
|
||||
"StrictAetComparison": false,
|
||||
"StoreMD5ForAttachments": true,
|
||||
"LimitFindResults": 0,
|
||||
"LimitFindInstances": 0,
|
||||
"LimitJobs": 20,
|
||||
"LogExportedResources": false,
|
||||
"KeepAlive": true,
|
||||
"TcpNoDelay": true,
|
||||
"HttpThreadsCount": 50,
|
||||
"StoreDicom": true,
|
||||
"DicomAssociationCloseDelay": 5,
|
||||
"QueryRetrieveSize": 100,
|
||||
"CaseSensitivePN": false,
|
||||
"LoadPrivateDictionary": true,
|
||||
"Locale": "en_US.UTF-8",
|
||||
"Dictionary": {},
|
||||
"SynchronousCMove": true,
|
||||
"JobsHistorySize": 10,
|
||||
"SaveJobs": true,
|
||||
"OverwriteInstances": false,
|
||||
"MediaArchiveSize": 1,
|
||||
"StorageAccessOnFind": "Always",
|
||||
"MetricsEnabled": true,
|
||||
"ExecuteLuaEnabled": false,
|
||||
"HttpRequestTimeout": 30,
|
||||
"DicomWeb": {
|
||||
"Enable": true,
|
||||
"Root": "/dicom-web/",
|
||||
"EnableWado": true,
|
||||
"WadoRoot": "/wado",
|
||||
"Ssl": false,
|
||||
"QidoCaseSensitive": true,
|
||||
"Host": "localhost",
|
||||
"StudiesMetadata": "Full",
|
||||
"SeriesMetadata": "Full"
|
||||
},
|
||||
"PostgreSQL": {
|
||||
"EnableIndex": true,
|
||||
"EnableStorage": false,
|
||||
"Host": "postgres",
|
||||
"Port": 5432,
|
||||
"Database": "orthanc",
|
||||
"Username": "orthanc",
|
||||
"Password": "orthanc"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
48
docker-compose.yml
Normal file
48
docker-compose.yml
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,48 @@
|
|||
version: '3.6'
|
||||
|
||||
services:
|
||||
orthanc:
|
||||
image: osimis/orthanc:20.11.2
|
||||
container_name: orthanc
|
||||
depends_on:
|
||||
- postgres
|
||||
restart: always
|
||||
ports:
|
||||
- '8042:8042'
|
||||
- '4242:4242'
|
||||
volumes:
|
||||
# 挂载orthanc.json配置
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||||
- ${ORTHANC_CONFIG}:/etc/orthanc/orthanc.json:ro
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||||
# 不使用 postgre 存储 dicom，挂载出来到 ${ORTHANC_DB_MNT}，更健康
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||||
- ${ORTHANC_DB_MNT}:/var/lib/orthanc/db
|
||||
environment:
|
||||
- DICOM_WEB_PLUGIN_ENABLED=true
|
||||
- POSTGRESQL_PLUGIN_ENABLED=true
|
||||
- TZ=Asia/Shanghai
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||||
command: /etc/orthanc/orthanc.json
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||||
logging:
|
||||
driver: "json-file"
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||||
options:
|
||||
max-size: "800m"
|
||||
|
||||
postgres:
|
||||
image: postgres:13.1
|
||||
container_name: postgres
|
||||
restart: always
|
||||
ports:
|
||||
- '5432:5432'
|
||||
volumes:
|
||||
# postgrel->data 挂载出来
|
||||
- ${POSTGRES_DATA_MNT}:${PGDATA}
|
||||
environment:
|
||||
- PGDATA=${PGDATA}
|
||||
- POSTGRES_DB=${POSTGRES_DB}
|
||||
- POSTGRES_USER=${POSTGRES_USER}
|
||||
- POSTGRES_PASSWORD=${POSTGRES_PASSWORD}
|
||||
- TZ=Asia/Shanghai
|
||||
logging:
|
||||
driver: "json-file"
|
||||
options:
|
||||
max-size: "800m"
|
||||
|
||||
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||||
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